Contexte

Le PEPR ATLASea, piloté par le CNRS et le CEA, a pour objectif de séquencer et analyser des milliers de génomes de référence issus de la biodiversité marine. Dans le contexte du Earth Biogenome Project et du European Reference Genome Atlas, ATLASea s’inscrit dans une dynamique internationale dont le but est de mieux comprendre le vivant à travers l’analyse de génomes représentatifs de sa diversité et issus de centaines de millions d’années d’évolution. A l’heure où la biodiversité est soumise à une pression anthropique accrue, il est urgent de réaliser cet inventaire, dont l’une des applications est d’accroître notre capacité à étudier, surveiller et préserver les écosystèmes. La biodiversité marine est un enjeu particulièrement important car elle est mal connue mais cependant cruciale pour les équilibres naturels, tant physiques (production d’oxygène, séquestration du carbone) que biologiques. La France dispose de la deuxième zone économique exclusive marine au monde, et est dotée d’atouts importants pour l’étude de sa biodiversité marine. Ainsi, le PEPR ATLASea fédère des acteurs clés comme le CNRS, le CEA, le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), l’Ifremer, Sorbonne Université, l’Université Aix-Marseille, Paris Sciences Lettres, et plusieurs stations marines autour de trois projets ciblés : DIVE-Sea pour l’échantillonnage, SEQ-Sea pour le séquençage, et BYTE-Sea pour l’infrastructure informatique.

Objectifs

L’objectif de cet appel à projets est de financer des projets qui utilisent l’information génétique des organismes marins pour identifier et étudier les voies de synthèse de molécules d’intérêt pour divers secteurs d’activité comme l’agronomie ou la médecine. Pour cela, des verrous doivent être levés. Par exemple, près de 50% des gènes identifiés dans les génomes marins sont entièrement nouveaux, sans homologie avec des gènes connus. Les voies métaboliques partant des composés simples présents dans l’environnement et aboutissant à des molécules complexes sont difficiles à décrypter. Pour répondre à ces défis, des propositions de recherche sont sollicitées afin de créer deux consortiums sur deux axes complémentaires. Le premier travaillera sur l’annotation fonctionnelle des gènes impliqués dans les voies métaboliques à l’aide de méthodes bioinformatiques. L’objectif sera de prédire les protéines mises en jeu lors de la synthèse de molécules d’intérêt grâce à des algorithmes s’appuyant sur les plus récentes avancées dans le domaine, y compris l’apprentissage profond. Le deuxième axe s’attachera à explorer et tester ces fonctions dans des modèles expérimentaux couvrant différents domaines de la biodiversité marine, y compris des unicellulaires planctoniques et des métazoaires complexes.

Déroulement

L'appel à projets se déroulera en deux étapes. La première étape, obligatoire et sélective, consistera à déposer des lettres d’intention de deux pages. Ces lettres expliqueront en quoi l’équipe candidate sera en mesure de contribuer individuellement aux objectifs de l’axe sur lequel elle se positionne. Un nombre réduit de propositions de lettres sera ensuite retenu après évaluation par un comité d’évaluation interne du PEPR ATLASea, en association avec la présidence du comité d’évaluation des projets complets. Dans une seconde phase, les propositions présélectionnées en phase 1 seront invitées à former un consortium par axe. Chaque consortium déposera un projet complet, qui sera évalués par un comité d’experts internationaux mis en place par l’ANR.

Budget

L’aide allouée pour cet AAP financera deux projets, pour un montant total de 3,6 M€, soit 1,2 M€ maximum d’aide pour l’axe 1 et 2,4 M€ au maximum pour l’axe 2. La durée des projets devra être de 4 ans. Les bénéficiaires des aides sont des établissements d'enseignement supérieur et/ou de recherche. Les entreprises et les établissements étrangers pourront avoir le statut de partenaire dans les projets, mais ne bénéficieront pas de financement au titre de cette participation.